Quỹ BTTEVN trực thuộc Bộ Y tế, có chức năng vận động sự đóng góp tự nguyện của cơ quan,tổ chức,cá nhân ở trong nước và nước ngoài, viện trợ quốc tế và hỗ trợ của NSNN trong trường hợp cần thiết để thực hiện các mục tiêu về trẻ em được Nhà nước ưu tiên